改革开放的30多年来，国外大量先进技术的引进、消化，已使我国煤炭生产技术、工艺处理水平取得了长足进步，有些方面已达到国际水准。然而，与发达国家相比，我国的情况较特殊，受人多地少、经济迅猛发展以及现行经济仍未摆脱粗放型即资源过快消耗、环境成本高昂的发展模式的制约，煤矿山生态地质环境问题具有综合、多发、损害严重、波及面广几个特点。国外地广人稀，在治理目标上有较大的回旋余地，可以将塌陷地用作湿地或其他生态用地，我国则必须珍惜每一寸土地，将绝大部分塌陷地复垦成农田;发达国家可以不惜重金，采取特殊的开采方式对地面变形实施控制，我国在短期内无力做到这一点。鉴于发达国家也缺乏应对如此复杂问题的成熟经验供我们借鉴，因此，我们必须形成一套符合我国煤矿山实际的环境保护与治理的理论方法体系，要做到这一点，路还很长。具体说来，目前主要存在如下问题:
1)煤矿山环境问题是当代人工作用参与下的地质作用的产物，其形成、分布及发展过程，符合地质学的一般规律，而这一点在煤矿山环境保护与治理中却常常被忽视;当前的煤矿山环境保护与治理，多着眼于不同的治理对象而采取相应的工程手段，对治理对象之间的内在联系研究较少，缺乏将煤矿山作为一个完整的系统，从协同作用角度的研究，导致治理效率低下，解决老问题的同时新问接踵而来。如果运用地球系统科学思想对煤矿山环境保护与治理开展研究，有可能构建一种新的、行之有效的煤矿山环境保护与治理的总体思路框架。
2)土地复垦的实质是通过人工手段，对煤矿山及其邻近地区生态过程进行干预，使该地区的生态系统能够在短期内得以恢复或重建。目前，以生态演替为基础的矿区土地复垦研究，正在我国逐步兴起，研究的焦点集中于物种引入和筛选上，对植物物种与土壤之间的适应性、适宜性关注不够，对矿区积水湿地的生态功能研究不多;如何将植物与其地下生存环境有机结合起来，建立一个能够自我调节的生态系统，其意义十分重大，但理论和方法研究却并不多见;基于植物地境生态属性的生态地质研究有可能成为这一科学问题的一把钥匙。
3)塌陷区综合治理存在的主要问题之一是，缺乏行之有效的稳定性评价方法，导致许多地区的预防控制和治理措施难以奏效。塌陷区稳定性研究方面，因地质体结构复杂多变，且大多数煤矿地面变形监测数据不完整，无论是力学方法、统计学方法还是数值分析法，均受到很大的限制，实用便捷的塌陷区稳定性评价方法研究，为当前所急需。
4)矿坑酸性废水、酸化煤矸石山治理研究中，所强调的综合治理，往往是将废水或煤矸石山作为独立的治理对象而施加物理、化学、生物等综合手段，工程投入和环境效益等方面的优势并不突出，因而难以大面积推广，必须另辟蹊径;若将煤矸石山，废水排泄沟渠、坑塘等景观结构单元以及水、土、岩、生等介质组构在一起，有可能形成新的、与矿山生产和区域环境相协调的系统，依靠该系统的运行可实现以废治废、变废为宝，使废水、废渣资源得到利用，占地问题得到解决;关于废水废渣的综合一体化处理，矿业、国土资源、环保等行业和部门有重大科技需求。