八国联军侵华的期间，慈禧向全国下诏，对十一国开战。随后有九位督抚级别的官员拒不奉诏，参与了东南互保事件。事后慈禧对这九个人的任免结果如下：
李鸿章：被慈禧寄予厚望，由两广总督调任直隶总督兼北洋大臣，担任与八国联军谈判的全权代表。签署《辛丑条约》后不久，因胃血管破裂，于1901年病死在北京。
刘坤一：被委以重任，因东南互保有功，加封为太子太保，继续担任两江总督兼南洋通商大臣。1902年病死在两江总督任上。
许应骙：起初被委以重任，继续担任闽浙总督一职。但很快就遭到御史的弹劾，说他在任期间碌碌无为，搞得福建积弊甚深。慈禧让张之洞查复，张之洞调查后，认为御史是在胡说八道，主张不对其进行惩治。但清廷仍然死揪着不放，罢免了许的职务，将其开缺回原籍。最后许应骙于1903年病死在了老家广州番禺。
德寿：唯一参加东南互保的满族官员，时任广东巡抚。李鸿章奉诏北调直隶后，他代理两广总督，病逝于1903年。
王之春：时任安徽巡抚，事后被平调，担任广西巡抚。在广西期间因为卖国，将广西的出路权和矿权低价转让给法国，引起诸多国人的愤恨，掀起了倒王运动。清政府被迫将王之春革职。1906年，王之春在老家衡州府病逝。死后朝廷追授其为光禄大夫和建威将军。（均为正一品）。
张之洞：被委以重任，但由于权力太大，被慈禧架空，调至京城。慈禧临终前，张之洞官至体仁阁大学士、军机大臣。
袁世凯：被委以重任，但由于权力太大，被慈禧架空，调至京城。慈禧临终前，袁世凯官至军机大臣兼任外务部尚书。
盛宣怀：因保护东南地方有功，被慈禧赏加太子少保衔。慈禧临终前，盛宣怀被任命为邮传部右侍郎。
刘树棠：时任浙江巡抚（署理），其后事迹不详。
综上所述，八国联军退出北京后，当年参与东南互保的督抚大员，慈禧基本上都没有对他们进行惩治。不过，慈禧没有惩治，不是她不想惩治，而是她不能惩治。具体原因有四点：
第一、慈禧手上无兵可用戊戌变法被镇压后，清政府组建了一支武卫亲军，一共分为五部。这五支部队的领导人分别是荣禄、宋庆、袁世凯、聂士成、董福祥。其中荣禄的部队被八国联军全歼；聂士成战死在天津前线，其部被宋庆收编；甘军董福祥部因为得罪了洋人，被联军列为黑名单，强制要求将甘军解散。
而北洋新军的统帅袁世凯是东南互保的参与者之一，毅军的扛把子宋庆跟袁世凯又穿一条裤子。慈禧拿他也是没办法。（毅军和北洋新军有很多军官都是拜把子兄弟）
如此一来，慈禧辛辛苦苦组建的武卫军，就这么“全军覆没”了。
并且这还没完。八国联军进北京时，沙俄以十九万大军突袭中国东北，将清军驻守在东北老家的九万主力军队全歼。这一事件称为沙俄入侵东北之战，也叫“庚子俄难”。
因此，清政府与联军签订《辛丑条约》时，慈禧实际上是一个光杆司令。她可以以皇太后的名义继续号令东南督抚，但要是敢治东南督抚的罪责，她已经没资本了。
第二、东南互保在名义上无罪慈禧向八国宣战后，李鸿章不想奉诏。但又不能明说，于是他想出一个绝佳的借口：朝廷的宣战诏书是义和团的“矫诏”，是奸臣胁持朝廷所下的“乱命”。（此乱命也，粤不奉诏）
此借口一出，两江总督刘坤一、湖广总督张之洞、闽浙总督许应骙、山东巡抚袁世凯等人立即响应。
过了两个月，八国联军杀入北京，逼得慈禧不得不逃往陕西，并请东南互保的牵头人李鸿章北上替自己擦屁股。
这实际上，就等于是慈禧承认朝廷错了，自己下的是“乱命”，东南互保是对的。（否则干嘛要请李鸿章呢？）
因此，倘若慈禧事后还去追究东南互保的各位督抚的“抗命”，那仿佛是说当初自己对外宣战还是对的。这对于当时已经沦为洋人的走狗的慈禧而言，这不是打脸么？洋人也不会放过她。
事后，慈禧以“庚子之变，顾全大局，保障东南，厥功甚伟”为由，嘉奖两江总督刘坤一，赏加太子太保衔，湖广总督张之洞赏太子少保衔。这实际上，就是清政府给东南互保定了性。
不过，李鸿章就倒霉了。他什么好处都没有捞到，还要替慈禧背锅。
第三、互保十省的盘根错节，势力太大互保十省督抚，基本上穿一条裤子：两广总督李鸿章是淮军领导人；两江总督刘坤一是湘军江忠源的旧将；湖广总督张之洞与湘军和淮军的关系都很好；铁路大臣盛宣怀的父亲盛康是湘军胡林翼的军需官，盛宣怀自己与李鸿章关系不是一般的好；山东巡抚袁世凯是淮军吴长庆的旧部；闽浙总督许应骙的族叔许祥光曾与湘军江忠源一起镇压过太平天国。
这些人，多多少少都有点关系牵连，是绑在一条绳子上的蚂蚱。如果慈禧动一个，怕是互保十省分分钟要造反。
事实上，东南互保十省当时也确实有联合造反的想法。当宣战诏书下至各地方时，湖广总督张之洞就提出让李鸿章当大总统。即一旦北京不保，就共同推举李鸿章出任中国的总统，主持东南大局。而李鸿章幕僚刘学询也写信给孙中山，希望其回国帮忙。（因北方拳乱，欲以粤省独立，思得足下为助，请速来粤协同进行。）
这种分分钟要散的节奏，慈禧心知肚明。所以她对东南九省的态度就是一个字“稳”，先稳住再说。
事后，除了闽浙总督许应骙和安徽巡抚王之春被免职外，其余都没有被罢官。而许应骙和王之春被罢官，也不是因为他们曾经参与东南互保一事。
▼夭折的“两广共和国”▼
第四，还有利用价值辛丑之后，清廷已经风雨飘渺，不得不同意改革（清末新政）。而恰好参与东南互保的几位督抚都偏向于改革，是推动慈禧改革的中坚力量，需要加以拉拢。
李鸿章就不用说了；张之洞、刘坤一于辛丑之后上了《江楚三折》，请求改革；袁世凯编练过新军，是改革派；盛宣怀办过铁路邮政，也是有改革经验之人。
反倒是朝廷里面怂恿利用义和团、怂恿对外宣战的几位，如载漪、刚毅等人，都是极端保守派，完全不懂改革。
因此清廷要搞“新政”，就不得不继续倚重参与东南互保的几位督抚。否则，慈禧连帮她推行改革的人都没有。
类似于岑春煊那种既忠于清廷（主动带兵勤王救驾），同又偏向改革的人，当时压根就没几个。慈禧能用的人，只有东南互保的那几个老油条。
不过，慈禧在事后没有作为，不代表她不想有所作为。
李鸿章、刘坤一、许应骙三人病死后。慈禧在1904年以江南制造总局迁移为契机，委派铁杆心腹铁良南下，完成了“划一营制”与筹措军饷的任务，打破了东南督抚对东南地区财权和军权的垄断。互保局面至此瓦解。
其实这也说明在慈禧的心里，她对东南互保还是很忌惮的。并非不想报复，只是报复的时机没到。