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新修订的《中华人民共和国公司法》（自2006年1月1日起施行，以下简称“新《公司法》”）在第二章第三节中专门对“一人有限责任公司”这一市场经济法律主体形式作出了特别规定。所谓一人有限责任公司，是指只有一个自然人股东或者一个法人股东的有限公司。而个人独资企业，是指依照《个人独资企业法》规定，在中国境内设立，由一个自然人投资，财产为投资人个人所有，投资人以其个人财产对企业债务承担无限责任的经营实体。一人有限责任公司与个人独资企业均是市场法律主体，虽然都是由一个投资主体创立，但两者在法律依据、法定条件、法律责任、财产所有权、机构设置及人员任职资格、解散清算程序、法定权利限制和税收义务承担等方面存在着诸多本质区别：
一是两者调整的法律依据不同
一人有限责任公司是依据《公司法》调整、约束和规范运行的，属于企业法人；而个人独资企业是依据《个人独资企业法》调整和约束，不具备企业法人资格。
二是两者设立的法定条件不同
（一）投资人出资最低限额不同。根据新《公司法》第五十九条规定，一人有限责任公司的注册资本最低限额为人民币10万元，而且股东应当一次性足额缴纳公司章程规定的出资数额，不得延期或者分期缴纳。股东缴纳出资后，必须经依法设立的验资机构验资并出具证明；而《个人独资企业法》对投资人向个人独资企业的出资，则没有最低限额的要求，投资数额由投资人自行申报即可登记，而且不需要经法定验资机构验资。
（二）投资人出资方式不同。根据新《公司法》第二章第一节规定，一人有限责任公司的股东可以用货币出资，也可以用实物、知识产权、土地使用权、股权、债权、探矿权、采矿权等可以用货币估价并可以依法转让的非货币财产作价出资；而《个人独资企业法》对投资人向个人独资企业的出资方式、种类、期限均没有作任何限制。
（三）两者的法定登记手续不同。一人有限责任公司的股东必须制定公司章程，并依法提交工商行政管理机关登记；而《个人独资企业法》则没有要求投资人制定企业章程，投资人或者其委托的代理人只需向工商行政管理机关提交个人独资企业设立申请书、投资人身份证明和生产经营场所使用证明即可取得个人独资企业登记，领取营业执照。
三是两者承担的法律责任不同
一人有限责任公司是独立的企业法人，股东仅以其所认缴的出资额为限对公司债务承担有限清偿责任，通常不会牵涉到股东的其他个人财产，经营风险较小。但是，为防止股东滥用公司法人独立地位和有限责任原则，以保护债权人的利益，新《公司法》第六十四条明确规定：“一人有限责任公司的股东不能证明公司财产独立于股东自己的财产的，应当对公司债务承担连带责任”。
而个人独资企业不具备法人资格，投资人以个人财产对企业债务承担无限清偿责任。《个人独资企业法》第三十一条明确规定：“个人独资企业财产不足以清偿债务的，投资人应当以其个人的其他财产予以清偿。”而且，值得一提的是，《个人独资企业法》第十八条作出规定：“个人独资企业投资人在申请企业设立登记时明确以其家庭共有财产作为个人出资的，应当依法以其家庭共有财产对企业债务承担无限责任。”
四是两者的财产所有权不同
一人有限责任公司股东出资后，其用作出资的财产所有权即与股东相分离，由公司享有法人财产所有权，并依法占有、使用、收益和处分；而《个人独资企业法》第十七条规定：“个人独资企业投资人对本企业的财产依法享有所有权，其有关权利可以依法进行转让或者继承。”
五是两者的机构设置和人员任职资格不同
一人有限责任公司虽然不设立股东会，但应当依法设立董事会和监事会，并明确公司法定代表人。不设董事会的，则应当设一名执行董事；不设监事会的，则应当设一至二名监事。而个人独资企业投资人可以自行管理企业事务，也可以委托或者聘用其他具有民事行为能力的人负责企业的事务管理。