阿勒泰地区的矿业深加工处于产业链的初级向中高级演进的阶段，本发展阶段为地区矿业深加工向中高级发展演变起到承上启下的作用，也处于为矿业特区内矿业产业的逐渐成熟奠定资源、技术、资本、人力资源、先进管理经验等基础的关键阶段。因此，查找本阶段矿业深加工存在的问题，分析成因，并提出对策建议对于提升矿业深加工水平和层次，创新科技，完善管理等具有重要的现实意义。目前，矿业深加工中存在的问题主要表现在以下几方面。
一、矿业深加工产业链相对较短，各矿种深加工的层次和水平不平衡，矿产品结构性矛盾突出
当前，阿勒泰地区矿业深加工虽然取得了历史性突破，矿业产值占地区国内生产总值的比例由2001 年的10%上升到2008 年的 30%，矿业产值占地区工业产值的比例由 2001 年的40% 上升到 2008 年的 98% ，可以说，地区工业发展的基础是矿业。2008 年地区 98% 的铁矿石加工为铁精粉，几乎所有有色稀有、贵金属矿产品加工成为精粉，部分矿产品甚至加工成为较高端的工业产品，如高冰镍、黄金、铍合金等。部分非金属矿产资源深加工也在不断深化，如地区特色矿产资源白云母，加工成为云母板等云母制品，2008 年云母制品产量 4 000 t，资源丰富的钾长石尚未进行有效开发利用。可见，地区铁矿产业链仅在钢铁产业前端，后续产品的大量附加值被后续钢铁企业所赚取。有色金属铜一部分在甘肃白银冶炼，一部分的精炼在阜康，铜资源的产业链也较短，且发展不平衡。铅锌矿更是只卖精粉。稀有金属铍也存在加工规模不大、层次不高、产业链短的问题，应大力推进 1 500 t/a 铍铜母合金扩建项目，增加科技含量，提升铍资源深加工的广度和深度。黄金首饰等深加工的附加值很高，地区 2008 年 1 ～ 11 月黄金产量达到 788. 86 kg，约占新疆全区黄金总产量的10. 45% ，宝玉石也有一定的储量、产量。地区几乎没有首饰、旅游产品加工企业，可考虑将地区黄金、宝玉石首饰及其旅游产品加工中心规划建设在地区矿业园区内，使黄金、宝玉石首饰等产品上层次、上规模，满足国内外游客的需求。对于特色非金属矿产云母和钾长石资源，目前云母制品花色品种少、规模小、科技含量低，今后要加大云母深加工项目，调整产品结构，扩大规模; 要立足于发展陶瓷、玻璃和钾肥产业，加快钾长石资源开发利用步伐。
二、受矿产资源传统流向及产业政策因素影响，矿业深加工规模小、科技含量低且粗放的现象难以在短期内改变
相比而言，阿勒泰地区矿业深加工的规模相对较小，与矿产资源大区的地位极不相称。如铁矿资源深加工方面，2008 年有铁矿山 12 个，多数为采选一体化企业，年采选加工规模 200 万 t 以上的有2 个，20 万 t 以上的企业有9 家。年处理铁矿石量650 万 t，铁精粉产量 205 万 t，球团产量 103 万 t，铸铁产量 5. 33 万 t，其中大部分产品供应位于乌鲁木齐市的八一钢铁公司。可见，铁矿采选企业规模小，铁矿产品杂而不精，散而不集中，铁矿资源及其产品流向固定。由于这种小而散的产业特点，无法集中生产科技含量高、规模大的产品。另外，鉴于钢铁产业链条关联度高的特点，前端 ( 铁矿石、铁精粉) 、中端( 球团等) 和后端 ( 钢铁、铸管等) 工艺间的衔接的时间、技术、管理等方面的要求很高，一个环节的问题若解决不了，将影响整个钢铁产业的发展。如特种钢项目，以直接还原铁为主要原料，如果地区直接还原铁项目工艺问题短时间内得不到有效解决，将制约项目的落地。生产企业如果新建直接还原铁项目，也会延迟特种钢项目建设等。铜矿资源深加工方面，地区阿舍勒35 万 t 铜精粉流向甘肃金川公司，而这种资源流向的相对固定性对地区铜资源深加工产生了不利的影响。由于今后发现的铜资源优先配置给大企业大集团，因此使地区铜深加工企业在短时间内难以做大做强。其他矿产深加工的情况是，虽受资源固定流向的影响较小，但受国家产业政策的影响较大，如铅锌矿，国家对铅锌行业产业门槛的提高，对阿勒泰地区做大做强铅锌深加工从长期看是有利的，至于资源缺口，利用国内外资源是一条非常好的途径。其他非金属矿产深加工也要相应地提高准入门槛，生产科技含量高、附加值大、安全、环保的产品，提高资源利用率，保护环境。
总之，要大力发展科技水平高、产品附加值高的矿业深加工项目，利用阿勒泰地区丰富而独具特色的矿产资源，用最先进的工艺、技术和设备生产出高质量、多品种、高档次，以及节能环保的产品。
三、矿业深加工中部分资源存在缺口，并且资源配置的难度加大
地区目前铜矿产品产量与建设10 万 t/a 铜冶炼项目的要求有一定差距，如果建设10 万 t/a铜冶炼项目，还有约 25 万 t 的铜精矿缺口。按照阿勒泰地区铜冶炼深加工项目的发展规划，随着深加工项目的发展，到 2015 年以后该地区的铜精矿缺口将保持在 25 万 t 左右。从前面的矿产资源供需形势分析可知: 铁、铅、锌资源矿业深加工资源也存在短缺的问题，要加大对周边国家上述矿种的利用，以弥补地区矿业深加工中矿产资源不足的问题。可可托海 3 号坑铍矿石品位较低，生产出的氧化铍品位仅为 6%，不能满足冶炼厂不低于8% 的品位要求，企业仍需在市场上求购大量手选绿柱石，以提高原矿入选品位保证生产要求，原矿供应成为当前制约企业发展的最大障碍。
四、矿业深加工造成的环境污染和破坏问题值得关注
不可否认，矿业深加工为地区经济社会发展作出了很大的贡献，但与之相伴的环境污染和破坏问题却是如影相随。矿业深加工造成的环境污染和破坏已成为地区各族人民群众关注的焦点。
位于富蕴县的新鑫矿业喀拉通克铜镍矿是一家集采、选、冶于一体的大型有色金属企业。该企业始建于 1978 年，经过两轮技术改造，采选规模达到 30 万 t/a，高冰镍金属量3 200 t / a。但二氧化硫的排放对环境产生了严重污染和破坏。据 2007 年阿勒泰地区有关环保资料显示，喀拉通克铜镍矿二氧化硫排放量达 4 万 t，占全地区的 90%。喀拉通克铜镍矿正在加大投入进行技术改造，淘汰旧工艺，彻底治理二氧化硫的污染。2009 年 10 月，三期技改完成后，喀拉通克铜镍矿每年排放的二氧化硫将由过去的4 万 t 减少到不足 1 100 t。环境得到良好的改善。
阿舍勒铜矿始终奉行 “要金山银山，更要绿水青山”的环保理念，该矿的废气、废水达到了零排放、零污染。矿山先后投入环保资金 5 000 多万元治理环境，矿区绿化率达55% ，矿区绿化和环保工作得到 “天山环保世纪行” 活动组的高度肯定，环保管理居国内同行业领先水平。2008 年 1 月，阿舍勒铜矿获得 “全国工业旅游示范点”荣誉称号。同年 6 月，阿舍勒铜矿推出了矿区一日游项目。
富蕴县实施 “绿色矿山”建设计划，效果明显。如蒙库、金宝等铁矿、水泥用灰岩等建材非金属矿山的露天开采对地貌景观造成一定的破坏，由于这些矿山主要位于人口比较稀少的山区或偏远地区，对矿区周边群众的生产生活不会产生太大的影响。蒙库铁矿加大对尾矿库的治理，在 2006 ～2008 近 3 年多的尾矿库治理过程中，先后投入资金 1 700 万元新建了尾矿库，又投入 350 万元用于老尾矿库的植被恢复和新库的回水利用设施建设。2007 年富蕴县乔夏哈拉铁矿选场离县城较近，铁精粉给县城造成了一定的污染，不符合县环保要求，对其实施搬迁并对废弃矿坑进行了复垦、植树，为打造绿色县城作出了贡献。
从以上矿业深加工对环境造成的污染和治理实践来看，要避免重开发、轻保护的倾向，坚持资源开发与保护并举，把保护放在首位，利用循环经济理念，强化矿业深加工的节能减排。对入驻矿业特区内 5 大园区的矿业深加工项目，相关管理部门要严把项目审批关，坚持 “三不审批”，即对生态环境有长远影响的不审批、容易造成生态污染的不审批、不符国家相关产业政策的不审批。目前看来，地区大中型矿山及其深加工企业的环保法律意识比较强，加之，地区环保、国土资源等部门的严格监管，环保效果明显。如富蕴县通过环保部门采取挂牌督办，邀请媒体予以曝光等措施，使未按环保设计要求建造尾矿库、烟尘排放不达标的几家骨干企业进行整顿，有效地解决了相关环保问题。