研发费用加计扣除是根据不同研发活动分项目进行会计核算。
依据财税2015(119)号文件要求，具体会计科目设置及账务处理程序如下:
一、人工费：工资及五险一金，需设置项目核算（附工资考勤和工资分配表）
借：制造费用－人员工资
管理费用－人员工资
销售费用－人员工资
研发支出-费用化支出－A－人员人工
研发支出-费用化支出－B－人员人工
贷：应付职工薪酬-职工工资
二、直接费用（项目核算及分摊表）
1、借：研发支出-费用化支出－A－材料
研发支出-费用化支出－B---材料 ----煤----水----电
----用于研发活动的仪器、设备的运行维护、调整、检验、维修等费用，
----用于中间试验和产品试制的模具、工艺装备开发及制造费，不构成
固定资产的样品、样机及一般测试手段购置费，试制产品的检验费。
贷：原材料
燃料及动力
银行存款等
2、用于研发活动的仪器、设备的折旧费（仪器设备使用记录，按工时分摊折旧项目核算及分摊表）。
借：固定资产
应交税金一进项税
贷：银行存款
借：制造费用—折旧
研发支出-费用化支出－A－折旧
研发支出-费用化支出－B－折旧
贷：累计折旧
3、无形资产摊销（项目核算及分摊表）
借：研发支出 ----费用化支出－A－无形资产摊销
研发支出-----费用化支出－B－无形资产摊销
贷：无形资产
4、新产品设计费、新工艺规程制定费、新药研制的临床试验费、勘探开发技术的现场试验费（项目核算及分摊表）。
借：研发支出 ----费用化支出－A－分明细计入
研发支出-----费用化支出－B－ 分明细计入
贷：银行存款
5、与研发活动直接相关的其他费用，如技术图书资料费、资料翻译费、专家咨询费、高新科技研发保险费，研发成果的检索、分析、评议、论证、鉴定、评审、评估、验收费用，知识产权的申请费、注册费、代理费，差旅费、会议费等（ 项目核算及分摊表）不超过（一+二-5）之和*10%/(1-10%)的总额。
借：研发支出 ----费用化支出－A－其他费用（摘要中列示细目）
研发支出-----费用化支出－B－ 其他费用（摘要中列示细目）
贷：银行存款
期末按研发费用资本化和费用化不同，分别转入无形资产和研发费用科目。再按税务口径和比例加计扣除就可以了。