西南地区矿产开发历史悠久。贵州万山汞矿开采时间始于明洪武元年，至今已有600余年历史。云南东川铜矿据史料记载，开采时间最晚可追溯到东汉时代，已有近2000a的历史；会泽铅锌矿在2000a前的西汉时代就开采提银；兰坪金顶铅锌矿，明清年代已采矿提银。古代采矿规模小，技术手段落后，多为手工土法开采，缺乏生态环境保护意识，采矿历史悠久的地区往往也是生态环境破坏严重的地区。如云南东川小江流域，历史上曾经是山清水秀、五谷丰登的富庶之地，由于采铜大量伐薪烧炭，进行土法炼铜，森林植被惨遭破坏，水土流失加剧，泥石流灾害频繁暴发。
1950年至1980年，我国因经济建设需要资源，矿产开发曾一度兴旺。西南地区兴建了许多大中型国有矿山，如四川攀枝花钒钛磁铁矿、泸沽铁矿、云南易门铜矿、兰坪金顶铅锌矿、贵州六盘水地区煤矿、重庆地区煤矿、西藏罗布莎铬铁矿等。由于受历史时代的局限，当时人们的生态环境保护意识不强，政府和企业环保投入严重不足。有的大中型矿山没有建尾矿库、拦渣坝、污水处理厂等基本的环保设施，直接向自然环境排放采矿废石、尾矿浆和废水，有的大中型矿山如个旧云锡公司火谷都、牛坝荒、老厂及会泽铅锌矿和昆钢上厂铁矿等，直接利用岩溶洼地、漏斗、落水洞排放尾矿浆，造成了矿山环境地质问题。
从20世纪80年代中期开始到90年代中期，受“有水快流”政策的误导，群采群挖风潮一度泛滥，加之管理与监督措施严重滞后，采矿无章可循，采富弃贫、采厚弃薄、采易弃难，乱采滥挖，造成了矿产资源的巨大浪费和生态环境的严重破坏，诱发了许多矿山地质灾害。如云南省元阳老金山金矿，群采区接连发生两次滑坡，372人死亡，直接经济损失1.4亿元。
进入21世纪，在西部大开发的浪潮推动下，以能源矿山为主的矿业开发又进入了一个新的高潮期，加剧了矿山地质环境的恶化，相当一部分矿床未经严格勘探，大部分矿山没有进行科学设计就开采，特别是乡镇及个体矿业主受经济利益的驱使急功近利，“重开发、轻保护”，只顾大肆开挖资源，急于取得高额经济效益，根本不管环境保护。部分地方政府和部门也片面理解“发展才是硬道理”，存在“先发展起来，再改善生态和保护环境”的观念，监管不力，造成生态环境被破坏，形成了大量矿山环境地质问题。
随着党中央和国务院对生态环境保护工作的日益重视，各级政府和人民群众环保意识逐步增强，国家和西南地区各省相继出台了矿山环境保护的法律和法规，如国土资源部国土资发［1999］36号文《关于加强矿山生态环境保护工作的通知》、各省出台了省级《矿山地质环境保护规定》等，对采矿秩序、矿山环境进行了治理整顿，对新建矿山完善审批程序和制度，矿山地质环境持续恶化的局面得到了初步缓解。但是，由于矿山环境问题由来已久，欠账太多，历史问题难以在短时间内得到解决，新的问题还在一些地方继续出现，生态环境恶化的势头还未得到根本性改变，矿山地质环境保护与整治仍然任重道远。