《国务院关于全面整顿和规范矿产资源开发秩序的通知》（国发〔2005〕28 号）明确地方各级人民政府对“本地区矿区生态环境进行监督管理”的责任，进一步强调“谁破坏、谁恢复，谁投资、谁受益”的原则，要求“新建和已投产生产矿山企业要制订矿山生态环境保护与综合治理方案”，“积极推进矿山生态环境恢复保证金制度等生态环境补偿机制。”
财政部、国土资源部、原环保总局联合发布《关于逐步建立矿山环境治理和生态恢复责任机制的指导意见》（财建〔2006〕215 号），提出“从 2006 年起逐步建立矿山环境治理和生态环境恢复责任机制”，选择煤炭矿山试点，然后全面推开。对保证金的收取和使用作出了规定。
国土资源部颁布《矿山地质环境保护规定》（国土资源部令第 44 号），明确了矿山地质环境保护的基本制度：一是矿山地质环境治理恢复保证金制度，规定了保证金的缴存标准和缴存办法按照省（区、市）的规定执行，保证金遵循“企业所有、政府监管、专户储存、专款专用”的原则。二是调查评价和规划制度，由国土资源行政主管部门负责组织开展工作。三是矿山地质环境保护与治理恢复方案编制与审查制度，规定了所有矿山必须开展方案的编制工作。四是矿山地质环境监测制度，规定县级以上国土资源行政主管部门应当建立本行政区域内的地质环境监测工作体系，健全监测网络，对矿山地质环境进行动态监测，指导、监督采矿权人开展矿山地质环境监测。
30 个省（区、市）相继出台了矿山地质环境治理恢复保证金管理办法。对于历史遗留或责任人灭失的矿山地质环境问题，由各级人民政府负责，并鼓励吸引社会资金参与治理；对于新建和生产矿山，严格落实企业的矿山地质环境治理主体责任，及时完成治理任务，不积存矿山地质环境新问题。据不完全统计，截至 2011 年底，全国已缴存保证金占应缴存保证金额的 46% ；已返还占已缴存金额的 26%。