申请办理许可证办理是免费的，不过需要缴纳采矿登记费、采矿权使用费和采矿权价款。
收费依据：
1、地质矿产部、财政部《矿产资源勘查、采矿登记收费标准及其使用范围的暂行规定》(地发[1987]289号)；
2、国务院第241号令《矿产资源开采登记管理办法》。
地矿部、财政部《关于颁布〈矿产资源勘查、采矿登记收费标准及其使用范围的暂行规定〉的通知》，因区域不同，收费标准略相同，例如北京市具体情况规定如下：
一、乡镇集体矿山企业和个体采矿登记的收费办法：
1、一般标准：
（1）个体采矿五十元以上一百元以下；
（2）乡镇以下（不包括乡镇）各种集体矿山、个体联合采矿一百元以上一百五十元以下；
（3）乡镇集体矿山企业采矿，一百五十元以上二百元以下（含二百元）；
（4）各种形式的联营、合营可根据形式的不同，由县（区）自行掌握可分别按乡以下集体、乡镇集体、国营矿山收费标准收费；
（5）乡镇集体和外商合办的中外合资矿山，应视规模和形式不同，可分别按乡镇集体矿山、国营矿山、中外合资矿山等采矿登记的收费标准，由县（区）政府自行掌握；
2、几项具体规定：
（1）收费标准上下限之具体金额，可按矿种和规模及其服务年限的长短，由县（区）自行掌握；
（2）个体、集体矿山规模超出小型矿山规模，按国营矿山收费标准收费；
（3）对有的矿种或矿山在签发采矿许可证时，须实地勘查，工作量较大者，可加收手续费，其金额不得超过采矿登记费；
（4）有的矿种个体或乡以下集体用工形式特殊，人数较多，规模较大，其收费标准根据实际情况，由县（区）掌握可突破上限；
（5）采矿许可证因丢失损坏等原因补领者，收取原采矿登记费的一半；
（6）由乡政府代发的采矿许可证，所收费用乡留50％，上交县（区）地下资源管理办公室50％；
（7）水利部门代发的采矿许可证，所收费用水利部门留50％，交所在县（区）地下资源管理办公室（或同级矿管机构）50％；
采矿登记费，经同级财政部门批准后，按年编报收支预算，实行以收抵支的办法，收入大于支出的部分上交财政，列其它收入科目中的规费收入“，收支平衡以内的部分，由县（区）地下资源管理办公室或代发证机关作为矿管经费使用。
二、关于收取矿管补充经费的规定：
根据北京市人民政府办公厅（1986）厅秘字第67号文批复“区、县所需矿管经费，由区、县财政安排。不足部分，可由区、县地下资源管理办公室收取管理费补助”的原则，各区、县可以收取管理费，其金额为地方财政拨款加收采矿登记费，抵支矿管经费不足部分（上限不得超过矿产品销售额的千分之五）以补充矿管经费之不足。其具体办法按上述精神结合本县（区）实际情况，由县（区）政府制定。
三、对所收经费的使用：
采矿登记费和矿管补充费，是矿管的专项费用，只能用于矿管工作开支，不得挪作他用，要专款专用，其用项：
1、专业工作所需设备、仪器、工具、文具等购置费；
2、正常开展业务所需的文件、资料、报表、图书购置费与印刷费；
3、办公经费及其外出所需的各项业务活动经费开支；
4、其他费用：如专业性会议费、车辆维修费等……。